Bilgisayar destekli kullanılan aletler


sayfa1/7
t.ogren-sen.com > Kimya > Evraklar
  1   2   3   4   5   6   7
Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

LABORATUVAR KILAVUZU

BİYOKİMYADA

BİLGİSAYAR KULLANIMI

Biyokimya uygulamalarında bilgisayar

  • Literatür taramasında

  • Analizlerde

  • Araştırılan moleküle ait genel bilgilere ulaşılmasında

  • Veri koleksiyonu oluşturulmasında

kullanılmaktadır.

Bilgisayar destekli kullanılan aletler:
UV-VIS spektrofotometre, fluorometre



HPLC (Yüksek Basınçlı Likit Kromatografi)


Görüntüleme sistemleri

NMR (Nüklear Manyetik Rezonans)


DNA dizileyiciler


En çok kullanılan tarama siteleri:
















  • Netscape (http://www.netscape.com)’dir.


Yandex (http://yandex.com.tr)


Biyokimyada en çok kullanılan veritabanı rehberleri:


Ad

URL

CMS Molecular Biology Resources

http://restools.sdsc.edu/

BioTech

http://biotech.icmb.utexas.edu

Protocol Online

http://www.protocol-online.org/

American Chemical Society

http://pubs.acs.org

Proteopedia

http://proteopedia.org/



CMS Molecular Biology Resources:


BioTech



Protocol Online


American Chemical Society


Proteopedia



Biyokimyada kullanılan veritabanları

Ad

İşlev

URL

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Çeşitli veritabanları ve kaynaklar

http://www.nlm.nih.gov/

European Bioinformatics Institute (EBI)

DNA dizileri

http://www.ebi.ac.uk/

Nucleic acid database

Nükleik asitlerin NMR ve X-ray atlası

http://ndbserver.rutgers.edu/

The Institute for Genomic Research

Genomik veritabanı koleksiyonu

http://www.tigr.org/

Protein Data Bank (PDB)

X-ray ve NMR ile saptanmış protein yapıları

http://www.rcsb.org/pdb

Swiss-Protein

Protein dizi ve analizleri

http://www.expasy.ch/tools

RasMol (RasMac)

Proteinlerin moleküler yapıları

http://www.umass.edu/microbio/rasmol

Predict Protein

Protein dizi ve 3 boyutlu yapı tahmini

http://www.predictprotein.org/

Atlas of Macromolecules

Makromolekül atlası

http://www.umass.edu/microbio/chime/atlas/atlas.htm


National Center for Biotechnology Information (NCBI)


European Bioinformatics Institute (EBI)


Nükleik asit atlası


The Institute for Genomic Research



National Human Genome Research Institute


Protein Data Bank (PDB)


Swiss-Protein


RasMol (Ras Mac)


Proteinin 3 boyutlu yapısının tahmini


Makromolekül atlası (http://www.umass.edu/microbio/chime/atlas/atlas.htm)


En çok kullanılan ve derlemelerin (“review”) yayınlandığı biyokimya dergileri:

  • Annual Review of Biochemistry

(http://www.annualreviews.org/)





  • Trend in the Biochemical Sciences (TIBS)

(http://www.trends.com/tibs/default.htm)


Araştırma sonuçlarının yayınlandığı bazı dergiler:

  • Journal of Biological Chemistry

  • Biochimica et Biophysica Acta

  • Biochemistry

  • Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

  • Biochemical Journal

  • Biochemical and Biophysical Research Communications



Biyokimya araştırmalarında kullanılan metotların yayınlandığı dergiler:

  • Analytical Biochemistry

  • Analytical Chemistry

  • Biochemical Preparations

  • Current Protocols in Molecular Biology

  • Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology

  • Methods of Enzymatic Analysis

  • Methods in Enzymology



Üniversitemizden yazılı kaynaklara ulaşma yolları:

Üniversitenin WEB sayfasından kütüphane sekmesinden e-dergilere ve üye olunan veri tabanlarına ulaşmak mümkündür.



Yüzlerce kitap, makale ve rapor arasında ilgilendiğiniz konu ile ilgili bilgiye ulaşmak oldukça zordur. Bu nedenle yayınlanmış makalelerin, derlemelerin ve patentlerin kısa özetlerini içeren 2 yayın bulunmaktadır:


  • Chemical Abstracts (http://www.cas.org/)


Chemical Abstracts


Biological Abstracts


İlgilenilen konu ile ilgili tüm makaleler farklı dergilerde olduğu için bunları saptamak ve incelemek zordur. Bu nedenle “Americal Chemical Society” tarafından 2 haftada bir yayınlanan “Chemical Titles”* ve “Institute of Science Information” tarafından her hafta yayınlanan “Current Contents+ ten yararlanılmaktadır.
* http://www.umanitoba.ca/libraries/units/science/journals/chemistry.html

+ http://www.isinet.com/products/cap/ccc/
Bilgisayar ve internet yardımıyla kullanılabilen bazı veritabanı programları:

  • BIOSIS Previews/RN (Bio Sciences Information Service tarafından üretilmiştir. Biyoloji alanındaki araştırma

sonuçları, derlemeler ve US patentlerini içermektedir)

  • CA (Chemical Abstracts servisi tarafından üretilmiştir. Kimya alanındaki tüm raporları içermektedir)

  • MEDLINE (US National Library of Medicine tarafından üretilmiştir)

  • MEDLARS (Index Medicus tarafından üretilmiştir)



Program

URL




BIOSIS Previews/RN

http://stneasy.fiz-karlsruhe.de/html/english/login1.html

ücretli

CA

http://www.cas.org/

ücretsiz

MEDLINE (PubMed)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov

ücretsiz

MEDLARS

http://www.nlm.nih.gov/bsd/mmshome.html

ücretsiz


MEDLINE’da literatür taraması şöyle yapılır:





Bugüne kadar yapılan araştırmalar sonucunda çok fazla miktarda veri elde edilmiştir.

  • Binlerce genin dizileri

  • Bu genlerin ürünleri olan proteinlerin dizileri ve yapıları

  • X-ray difraksiyonu ve NMR ile saptanmış protein yapıları


Elde edilen tüm bu veriler özel bazı veritabanı programlarına kayıt edilmektedir ve bu programlar aracılığıyla istenilen molekül ile ilgili tüm bilgilere ulaşılabilmektedir.
Yapı/Dizi bilgilerine ulaşmak için kullanılan bazı programlar

Program

İşlevi

BLAST

Protein ve nükleik asit dizilerini karşılaştırır

Chime

3 Boyutlu hareketli protein yapısı

Entrez (NCBI)

Dizi karşılaştırma sistemi

FASTA

Protein dizilerini karşılaştırır

GenBank (NCBI)

Gen dizilerinin veritabanı

Molecules R Us

3 boyutlu protein yapısı ve manipulasyonu

RasMol (Ras Mac)

3 boyutlu protein yapısı ve manipulasyonu

SRS (EMBL)

Dizi karşılaştırma sistemi


Biyoloji ve kimya veritabanları şöyle kullanılır:





  1   2   3   4   5   6   7

sosyal ağlarda paylaşma



Benzer:

Bilgisayar destekli kullanılan aletler iconBilgisayar Destekli Kanser Teşhis Sistemi Emre Dandıl, Ufuk Çağlar, İzzet Öztürk

Bilgisayar destekli kullanılan aletler iconİmplant destekli protezleriN 6 yillik değerlendirmeleri

Bilgisayar destekli kullanılan aletler iconBİLGİsayar mühendiSLİĞİ ( İNGİLİzce )

Bilgisayar destekli kullanılan aletler iconBilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Öğretmenliği

Bilgisayar destekli kullanılan aletler iconElif Seçgin Bilgisayar Lab

Bilgisayar destekli kullanılan aletler iconDers otizmli ÇOÇuklar iÇİn robot destekli terapi

Bilgisayar destekli kullanılan aletler icon2. ÖZel eğİTİmde biLGİsayar teknolojileriNİn kullanilmasi

Bilgisayar destekli kullanılan aletler iconTeknoloji, işlerimizi daha kolay, daha hızlı yapabilmek için kullandığımız...

Bilgisayar destekli kullanılan aletler iconAraştırmacı Bilim Adamı (Tübitak Doktora sonrası Yurt Dışı Araştırmacı Bursu Destekli)

Bilgisayar destekli kullanılan aletler iconKullanilan malzemeler


Tıp




© 2000-2018
kişileri
t.ogren-sen.com